La religión impregna todos los aspectos de la vida, y la mayoría de los huicholes no hacen ninguna distinción real entre los mundos sagrados y el de todos los días, pues para los huicholes, la religión es la vida misma.

A raíz de estas creencias y rituales, ellos peticionan a las deidades de sol y la lluvia para los cultivos, la caza de venado con éxito, fertilidad, buena salud, y protección contra los peligros de los mundos natural y sobrenatural.

Los dioses en el panteón huichol encarnan y personifican la naturaleza en todas sus manifestaciones, con la más antigua es Nakawé Takutsi, la abuela del crecimiento y germinación, que creó el mundo, y Tatewari, el Abuelo Fuego.

La gran compañía de las deidades incluye el sol, lluvia, viento, mar, tierra, y venados. Ofrendas votivas, artísticamente prestados, se realizan como oraciones visuales a las deidades y comunican las necesidades más íntimas y los deseos de los huicholes.

El peyote (Lophophora williamsii) tiene una fuerte presencia en la cultura huichol. Los huicholes hacen peregrinaciones anuales a la tierra del peyote sagrado de Wirikuta, en el desierto de San Luis Potosí. Allí, las propiedades psicoactivas de Peyote permiten a los participantes a ver visiones brillantes y coloridas que se interpretan como comunicaciones personales de sus dioses.

Los huicholes miran el peyote, que se identifica con el ciervo, como un don sagrado, su consumo es altamente ritualizado y sirve como una fuerza unificadora entre miembros de la comunidad. Algunos elementos cristianos han entrado en en las creencias religiosas huichol y ciertas ceremonias cristianas se observan.

El núcleo de la existencia de los huicholes está en manos de los chamanes, conocidos como akames mara. A través de cinco a diez años de entrenamiento intensivo, estos hombres (ya veces mujeres) adquieren conocimientos de curanderos, sacerdotes y adivinos. En sus sueños perciben las causas de las enfermedades y la inestabilidad del medio ambiente y las acciones a tomar en estos casos.

Sus sueños también han de instruirlos en el desempeño de importantes funciones ceremoniales. Convocan a las almas a unirse a los cuerpos de los bebés recién nacidos y siguen a las almas de los muertos para enviarlos al otro mundo.

El ciclo anual se divide ceremonias para el tiempo húmedo y ceremonias de los templos durante la estación seca. Las ceremonias para la lluvia y la siembra de los cultivos tienen lugar alrededor del solsticio de verano. Las ceremonias de la cosecha se producen cerca del equinoccio de otoño. La caza del venado y la peregrinación del peyote, completa el ciclo.

Las ceremonias por lo general duran por lo menos dos días y sus noches. Cuando la presencia de los dioses es descubierta, los animales son sacrificados para proporcionarles la sangre, que encarna la fuerza de la vida, y la comida ritual. Las ceremonias tienen lugar también en el centro de la comunidad y en los ranchos de la familia.